1.官能團解離與電荷吸附

　　陰離子交換柱的固定相上共價結合了帶正電荷的官能團。根據電荷狀態是否隨pH變化，可分為強陰離子交換劑（如季銨基團）和弱陰離子交換劑（如二乙氨乙基）。強陰離子交換劑在寬的pH范圍內始終保持帶正電，而弱陰離子交換劑僅在特定pH范圍內才離子化。

　　當樣品通過處于平衡狀態（與特定pH和離子強度的緩沖液平衡）的色譜柱時，表面帶負電荷的目標分子會與固定相上帶正電荷的官能團通過靜電引力結合，從而被保留在柱上。不帶電荷或帶正電荷的雜質則不被保留，直接從柱中流出。

　　2.離子交換與競爭置換

　　目標分子被吸附后，其與固定相的結合強度取決于分子本身所帶的凈電荷數量。電荷越多，結合越緊密。要實現分離，就需要打破這種結合平衡。

　　3.梯度洗脫實現分離

　　要依次釋放這些結合的目標分子，常用的方法是梯度洗脫。即逐漸增加流動相中鹽的濃度。鹽離子會與吸附在固定相上的目標分子競爭結合位點。隨著鹽濃度升高，越來越多的目標分子被鹽離子置換下來，重新進入流動相。

　　由于不同分子帶電荷數不同，與固定相的親和力各異，因此在鹽濃度梯度上升的過程中，結合力較弱的分子會先被洗脫，而結合力強的分子則在較高鹽濃度時才會被洗脫出來，從而實現按電荷差異的分離。